Busca entender los procesos que determinan la estructura y función de los ecosistemas de arrecifes coralinos, especialmente en el Pacifico colombiano. Para ello se enfoca en el estudio de la estructura y dinámica de las comunidades y poblaciones de diferentes organismos, principalmente corales y peces, en los arrecifes coralinos y los factores bióticos y abióticos que las determinan.

Realiza investigación en los ecosistemas rocosos marinos intermareales y submareales del país; procurando generar conocimientos sobre la biodiversidad, composición y procesos ecológicos con miras a su conservación y uso sustentable para el beneficio de las comunidades presentes y futuras.

Contribuye al conocimiento, conservación y manejo sostenible de los ecosistemas estuarinos y de manglar del Pacífico colombiano, a través de la generación y sistematización de conocimiento científico, la preparación y formación de científicos y el establecimiento de pautas y recomendaciones para una gestión integrada de las áreas costeras, mejoramiento de la calidad de vida de los pobladores y la utilización sustentable de los recursos naturales asociados.

Realiza investigación dirigida a resolver problemas que involucren procesos físicos-químicos y biológicos de nuestros océanos, incluyendo la evaluación de recursos pesqueros y la evaluación espacio-temporal de comunidades planctónicas.

Se centra en desarrollar investigación en microbiología aplicada para generar soluciones biotecnológicas y agroindustriales, identificar y aprovechar la diversidad microbiana regional, y diseñar tecnologías innovadoras y limpias que mejoren los procesos productivos y contribuyan a la sostenibilidad ambiental.

Adelanta investigación en el campo de la biología evolutiva de diferentes grupos y relacionarla con los posibles procesos macro y micro-evolutivos que han dado origen a los patrones actuales de diversidad organísmica, ecológica y morfológica. Busca, usando árboles filogenéticos y filogeográficos, entender los procesos que generan y moldean la biodiversidad a diferentes escalas evolutivas.

Contribuir al análisis de los problemas ambientales locales, regionales y nacionales, con énfasis en la gestión del agua y en el estudio de las dinámicas socio-culturales y económicas que generan un uso insostenible de la naturaleza. Además, fortalecemos la gestión comunitaria de los sistemas de abastecimiento de agua y saneamiento y apoyamos la consolidación de una cultura institucional participativa con enfoque de género en la gestión ambiental y del agua.

Contribuir a la Gestión Integrada del Recurso Hídrico (GIRH) mediante la generación y sistematización de conocimientos con soluciones innovadoras a los problemas de la GIRH, y la integración del ciclo antrópico en el ciclo natural del agua, no sólo desde la perspectiva de protección de la salud o la protección ambiental, sino considerando el recurso hídrico como motor del mejoramiento de la calidad de vida de los pueblos.